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Servicio de secuenciación y genómica funcional
SAI Servicio de secuenciación y genómica funcional
Dotación instrumental
Plataforma de Secuenciación Masiva de nueva generación Ion Torrent (Life Technologies)
Compuesta por los secuenciadores de sobremesa Ion PGM e Ion S5XL y los equipos de preparación de librerías y moldes Ion One Touch 2 y Ion Chef.
  • Está basada en secuenciación por síntesis (SBS, Sequencing by Synthesis), utilizando tecnología de semiconductores (medición de la liberación de protones durante la reacción de polimerización del ADN) sin intervención de detección óptica y utilizando química nativa, siendo el método de amplificación previo para la producción de grupos de matrices clónicos de molécula única PCR en emulsión.
  • Admite chips de distinta capacidad lo que permite flexibilizar la productividad trabajando en el mayor número de rangos posible para, así, optimizar la utilización y coste de fungibles.
  • Ofrece la máxima velocidad de carrera posible.
  • Integra amplificación, secuenciación y análisis de datos (identificación de bases, alineación, identificación básica de variantes y elaboración de informes), generando archivos estándar de salida con formatos compatibles con la mayoría de los software de terceros (fastq, bam, vcf, texto (csv, tsv).
  • Permite el abordaje de las siguientes aplicaciones:
    • Resecuenciación del genoma completo
    • Resecuenciación selectiva
    • Secuenciación de novo de genoma pequeño (vírico o bacteriano)
    • Secuenciación de ARNmensajero y ARNpequeño
    • Secuenciación de Transcriptoma dirigido
    • Secuenciación de Transcriptoma completo
    • Secuenciación de Exoma
    • Secuenciación de ADN modificado con bisulfito para estudios de perfiles de metilación
    • Secuenciación ChIP-Seq para estudios de interacciones DNA-proteína y RNA-proteína
    • Secuenciación CNV-Seq para medición de la variación del número de copia
    • Metagenómica (secuenciación de ARNr 16S)