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decorativo Servicio General de Apoyo a la Investigación - SAI
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decorativodecorativoSERVICIO DE SECUENCIACIÓN Y GENÓMICA FUNCIONALdecorativo
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UZ+IACS 
Equipamiento

El Servicio de Secuenciación y Genómica Funcional dispone actualmente de los siguientes equipos relacionados con el análisis de ácidos nucleicos:

Plataforma de Secuenciación Masiva de nueva generación Ion Torrent (Life Technologies), compuesta por los secuenciadores de sobremesa Ion PGM e Ion S5XL y los equipos de preparación de librerías y moldes Ion One Touch 2 y Ion Chef.
  • Está basada en secuenciación por síntesis (SBS, Sequencing by Synthesis), utilizando tecnología de semiconductores (medición de la liberación de protones durante la reacción de polimerización del ADN) sin intervención de detección óptica y utilizando química nativa, siendo el método de amplificación previo para la producción de grupos de matrices clónicos de molécula única PCR en emulsión.
  • Admite chips de distinta capacidad lo que permite flexibilizar la productividad trabajando en el mayor número de rangos posible para, así, optimizar la utilización y coste de fungibles.
  • Ofrece la máxima velocidad de carrera posible.
  • Integra amplificación, secuenciación y análisis de datos (identificación de bases, alineación, identificación básica de variantes y elaboración de informes), generando archivos estándar de salida con formatos compatibles con la mayoría de los software de terceros (fastq, bam, vcf, texto (csv, tsv).
  • Permite el abordaje de las siguientes aplicaciones:
    • Resecuenciación del genoma completo
    • Resecuenciación selectiva
    • Secuenciación de novo de genoma pequeño (vírico o bacteriano)
    • Secuenciación de ARNmensajero y ARNpequeño
    • Secuenciación de Transcriptoma dirigido
    • Secuenciación de Transcriptoma completo
    • Secuenciación de Exoma
    • Secuenciación de ADN modificado con bisulfito para estudios de perfiles de metilación
    • Secuenciación ChIP-Seq para estudios de interacciones DNA-proteína y RNA-proteína
    • Secuenciación CNV-Seq para medición de la variación del número de copia
    • Metagenómica (secuenciación de ARNr 16S)

Ion PGM (Life Technologies)
• Admite los chips 314, 316 y 318.
• Ofrece las siguientes productividades:

Chip
Reads 0,5 M 3 M 5 M
Output 20 MG 200 MG 1-2 GB


Ion S5XL (Life Technologies)
• Admite los chips 520, 530 y 540.
• Ofrece las siguientes productividades:

Chip
Reads 5 M 15-20 M 60-80 M
Output 1-2 GB 3-5 GB 10-15 GB


Ion One Touch 2 (Life Technologies)



Unidad externa para la preparación automática del molde de secuenciación.
Ion Chef (Life Technologies)



Equipo automatizado de preparación de librerías, preparación de molde y carga de muestras en el chip.


Secuenciador de ADN 3500XL Genetic Analyzer (Applied Biosystems)

  • Consta de un array de 24 capilares no recubiertos internamente.
  • Detecta 6 fluoróforos simultáneamente mediante un láser de estado sólido con línea espectral de 505nm.
  • Es capaz de realizar Secuenciación de ADN, Genotipado y Análisis de SNP’s, utilizando los programas Sequencing Analysis™ v5.4, Seq Scape v2.7, Variant Reporter™ v1.1 y GeneMapper™ v4.1 para llevar a cabo el procesamiento automático completo de los datos obtenidos.
  • Los 24 capilares, de 50 micras de diámetro y 50 cm de longitud, se rellenan de forma automática con el mismo polímero (POP-7) tanto para secuenciación como para genotipado o análisis de SNP’s.
  • El equipo dispone de un sistema de identificación por radio frecuencia (RFID) para el seguimiento de lotes, caducidades y consumos de los reactivos.


Pirosecuenciador PSQ 96MA(Biotage)


  • Sistema para analizar hasta 96 muestras simultáneamente mediante pirosecuenciación.

  • Adecuado para el análisis simultáneo de tres polimorfismos genéticos, análisis de metilación de DNA y secuencias cortas de DNA (hasta 80 pb).




Sistema de PCR a Tiempo Real ViiA7(Applied Biosystems)


Sistema integrado para realizar tanto análisis de PCR a tiempo real como análisis
post-PCR a punto final.
  • Como estrategias de marcaje utiliza sondas TaqMan o SYBR Green.
  • Detecta hasta 6 fluoróforos simultáneamente mediante el nuevo sistema OptiFlex™.
  • Permite el uso de bloques intercambiables: bloques estándar de 96 o 384 pocillos, bloque Fast-PCR de 96 pocillos, que reduce los tiempos de carrera de 2h a 35 min, y bloque para arrays de baja densidad de 384 pocillos.
  • El bloque para arrays de baja densidad permite combinar la tecnología de Applied Biosystems con la nueva tecnología de tarjetas microfluídicas, que simplifican el análisis de cientos de dianas utilizando un formato de 384 pocillos sin necesidad de robótica.


4 Termocicladores Veriti (Applied Biosystems)
  • Termociclador de 96 pocillos con bloque VeriFlex que proporciona 6 zonas independientes de temperatura (con una diferencia de 5ºC de zona a zona) para optimización de reacciones de PCR.
  • Tiene capacidad para llevar a cabo experimentos de amplificación en condiciones rápidas o standard.
  • Incorpora una pantalla táctil a color que simplifica la programación y el uso del equipo.


Termociclador en gradiente iCycler (Bio-Rad)

  • Termociclador en gradiente de 96 pocillos con intervalo de temperaturas entre 0 y 105ºC.

  • Permite la optimización de reacciones de PCR en un solo experimento al generar un gradiente en el bloque, mediante el sistema de rampa dinámica, de hasta 25º C dentro del rango 40-99ºC.





Extractor de DNA AutoGenFlex 3000 (Autogen)


  • Permite realizar la extracción de DNA genómico de forma automática a partir de grandes volúmenes de sangre (5ml).

  • Puede utilizarse además de para sangre total, para aislar DNA de muestras de tejido, células en cultivo y muestras de saliva.

  • Se realizan 40 extracciones simultáneamente.
Plataforma de dispensación de líquidos Freedom EVO 100 (Tecan)



  • Sistema robotizado para preparación automática de pre-PCR, pre-QPCR y librerías.
  • Consta de 4 canales de pipeteo independientes, de volúmenes desde 0,5 hasta 1000 microlitros.
  • Permite trabajar en cualquier formato: placas de 96 o 384 y tubos.
  • Tiene capacidad para 12 posiciones de placas.
  • Permite llevar a cabo pipeteo sencillo, pipeteo múltiple, preparación de réplicas, alícuotas, diluciones seriadas, prediluciones, mezcla de líquidos en el contenedor de origen o en el contenedor de destino, etc.
  • Contiene una base termostatizada, un agitador con calentamiento, varios bloques criostáticos y una pinza para el desplazamiento de tubos y placas a lo largo de la base de la plataforma, todos ellos elementos necesarios para llevar a cabo de forma automatizada la mayor parte de los protocolos seguidos en la preparación de librerías en las distintas aplicaciones de secuenciación masiva.


Fluorímetro Qubit 3.0 (Life Technologies)
  • Equipo para la cuantificación de DNA, RNA y Proteína mediante sustancias fluorescentes específicas para cada molécula.
  • Una vez añadida a la solución de muestra, la sustancia fluorescente se une en segundos y alcanza el equilibrio en menos de dos minutos. Para una cantidad específica de colorante, la cantidad de señal fluorescente de la mezcla es proporcional a la concentración de muestra. El fluorímetro convierte la señal de fluorescencia en concentración utilizando estándares de concentración conocida.
Reactivo/Ensayo Rango de Ensayo Rango de concentración de muestra de partida
Qubit dsDNA HS Assay 0.2–100 ng 10 pg/μl – 100 ng/μl
Qubit dsDNA BR Assay 2–1,000 ng 100 pg/μl – 1 μg/μl
Qubit ssDNA Assay 1-200 ng 50 pg/µl - 200 ng/µl
Qubit RNA Assay 5–100 ng 250 pg/μl – 100 ng/μl
Qubit RNA BR Assay 20-1,000 ng 1 ng/µl - 1 µg/µl
Qubit Protein Assay* 0.25–5 μg 12.5 μg/ml – 5 mg/ml


Espectrofotómetro Nanodrop-1000 (Thermofisher)
  • Equipo para la cuantificación de ácidos nucleicos con lámpara de Xenon sin cubeta.

  • Requiere entre 1 - 2 µl de muestra, y por su amplio rango de cuantificación (2 – 3700 ng/µl dsDNA), no es necesario diluir la muestra.


Sistema de Electroforesis Automática Experion (Bio-Rad)
  • Equipo de electroforesis de ácidos nucleicos (DNA y RNA) y proteínas mediante la tecnología LabChip (Caliper Life Sciences).
  • Permite realizar la separación de hasta 12 muestras, tinción, detección y cuantificación de bandas en 30 minutos con un mínimo de intervención manual.
  • El software permite determinar la integridad del RNA calculando el RQI para indicar la calidad.


Cubetas de electroforesis (ABgene)

  • Cubeta Electro-Fast System Standard y Electro-Fast System Wide para la electroforesis horizontal de ácidos nucleicos.
  • Capacidad para analizar 96 muestras de forma simultánea, con la posibilidad de aumentar a 192.
  • Los peines disponen de un diente adicional para el marcador y permiten cargar las muestras con pipeta multicanal.


Centrífuga de mesa refrigerada 5810R para placas, portas y tubos de 50 ml (4000 rpm) (Eppendorf)

Centrífuga de mesa para tubos de 1,5 y 0,5 ml (10000 rpm/7200g) (Cobos)

Centrífuga de mesa para placas (3900 rpm/2x675g(Sigma)

Equipo complementario:
Fuente de electroforesis, agitador, baño termostatizado, microondas, neveras-congeladores, picadora de hielo, etc.




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